Penugasan

1990-an

Pada April hingga Mei 1992, KRI Nanggala ditugaskan untuk sebuah misi intelijen di Samudra Hindia. Pada Agustus hingga Oktober 1999, Nanggala kembali ditugaskan dalam sebuah misi intelijen di Timor Timur. Misi tersebut dilakukan bersama KRI Cakra (401) untuk melacak pergerakan Pasukan Internasional untuk Timor Timur (INTERFET) setelah mereka mendarat di sana.

2002

Pada 27 Mei—3 Juni 2002, KRI Nanggala dilibatkan dalam latihan gabungan TNI AL dan Angkatan Laut Amerika Serikat dengan nama sandi CARAT-8/02. CARAT (Cooperation Afloat Readiness and Training) adalah bantuan latihan militer Amerika terhadap militer negara sahabat di Asia Tenggara. Latihan CARAT ini berlangsung di perairan Laut Jawa, Selat Bali dan Situbondo.