2004

Dalam Latihan Operasi Laut Gabungan (Latopslagab) XV/04 di Samudera Hindia, tanggal 8 April hingga 2 Mei 2004, KRI Nanggala berhasil menenggelamkan eks KRI Rakata, sebuah kapal tunda samudera buatan 1942, menggunakan torpedo SUT.

2005

Pada 8 April 2005, di tengah konflik sengketa blok masela, KRI Tedong Naga (819) dari Indonesia terpaksa menyerempet Kapal Diraja Rencong milik Malaysia di Nunukan, Kalimatan Timur karena melakukan manuver-manuver yang membahayakan pembangunan mercusuar Karang Unarang. Pada Mei 2005, KRI Nanggala ditugaskan menuju kawasan tersebut untuk berjaga-jaga apabila terjadi keadaan yang mendesak. Selain itu, KRI Nanggala juga ditugaskan untuk “mengintai, menyusup, dan memburu sasaran-sasaran strategis”.

Pada 28 hingga 29 Agustus 2012, KRI Nanggala diikutsertakan dalam sebuah latihan gabungan bersama kapal selam Amerika Serikat bernama USS Oklahoma City. Latihan tersebut juga diikuti oleh KRI Diponegoro (365) dan sebuah helikopter Bölkow-Blohm.