Namun perkembangan situasi politik Indonesia masa itu kurang menguntungkan, perdebatan muncul di Dewan Konstituante antara tahun 1956 sampai tahun 1959 hampir membuat negara kesatuan kembali pecah. Perdebatan sangat tajam muncul di tahun 1957 ketika semua kekuatan politik dan partai dari berbagai ideologi politik menyatakan pendapatnya mengenai sistem negara.
Sentimen tentang ide negara federasi Indonesia rancangan Van Mook masih hangat diperdebatkan, walaupun juga ada beberapa bagian dari sistem federal yang diterima oleh pendukung negara kesatuan. Akan tetapi, Dewan Konstituante kembali gagal mencapai kesepakatan, dengan partai besar seperti PNI, PKI, dan lainnya seperti Murba, IPKI, GPPS terlibat perdebatan sengit mematahkan argumen teoritis akan keberadaan negara federal. Partai pendukung ide negara federal seperti, Masyumi, PSII, Partai Buruh, dan Parkindo ternyata harus mengalah.
Pada akhirnya negara kesatuan disepakati sebagai pilihan dengan beberapa persyaratan, seperti:
- Penegakan demokrasi lebih berguna untuk meredam ketidakpuasan di berbagai daerah, melawan ketidakadilan, dan menghindari sentralisasi yang tidak seimbang, dan
- Wilayah-wilayah sedapatnya akan diberikan otonomi seluas-luasnya.
- Masa Demokrasi Terpimpin
Setelah Dekrit Presiden di tahun 1959 diterapkan, pemerintahan akhirnya berorientasi pada demokrasi terpimpin. Pemerintah mengeluarkan Penetapan Presiden Nomor 6/1959 (disempurnakan) dan Penetapan Presiden Nomor 6/1959 (disempurnakan) mengatur tentang Pemerintahan Daerah. Dasar pemikiran undang-undang pemerintahan daerah adalah:
- Tetap mempertahankan politik dekonsentrasi dan desentralisasi, dengan menjunjung paham desentralisasi teritorial;
- Dihapuskan dualisme pimpinan daerah.
Artinya, pemerintah Indonesia saat itu tetap berkomitmen menjalankan kebijakan pelimpahan kewenangan tata pemerintahan ke daerah-daerah. Perkembangan selanjutnya tentang pemerintahan daerah adalah terbitnya Undang-undang Nomor 18/1965 yang membagi habis daerah-daerah otonom di Indonesia ke dalam tiga tingkatan:
- Provinsi sebagai DaerahTingkat I;
- Kabupaten dan Kotamadya sebagai DaerahTingkat II;
- Kecamatan dan/atau Kotapraja sebagai Daerah Tingkat III.
Namun demikian, The Liang Gie mengungkapkan beberapa kelemahan Undang- undang No. 18/1965 tersebut, antara lain: politik desentralisasi masih mengandung apa yang disebut oleh Prof. John D. Legee sebagai colonial flavor (berbau kolonial), karena pemerintah pusat masih keras menunjukan keinginan dan berusaha menancapkan serta memelihara kekuasaanna di lingkungan segenap wilayah bawahannya; Undang-undang No. 18/1965 masih meneruskan memakai istilah ”rumah tangga” daerah dari masa lampau yang sangat kabur pemakaiannya; Masih menggunakan istilah ”pemerintahan sehari-hari” yang tidak tegas pemaknaannya; Menganut citra ketunggalan dan keseragaman, artinya penyelenggaraan desentralisasi di Indonesia hanya diatur dengan satu peraturan saja dan isinya tidak memiliki pemahaman akan arti keberagaman tiap daerah; dan lainnya. Sebagai penutup, The Liang Gie mengemukakan bahwa ”….tampaknya tiada harapan besar bahwa di bawah UU desentralisasi yang baru itu di Indonesia dapat terselenggara pemerintahan Daerah yang jauh lebih maju daripada yang sudah-sudah.”[2]
- Masa Orde Baru
Pada masa pemerintahan Orde Baru, lahirlah Undang-undang Nomor 5/1974 dimana semangat sentralisasi pemerintahan justru semakin menjadi-jadi. Undang-undang tersebut memainkan peranan penting dalam memperluas kekuasaan pemerintah pusat ke daerah. Penunjukan para gubernur dengan latar belakang militer oleh Presiden Soeharto sangatlah menguntungkan kejayaan bisnis militer mengeksploitasi sumber daya alam yang ada di daerah.
Para kepala daerah tersebut berlindung di balik doktrin dwifungsi ABRI yang ketika itu membenarkan peran militer aktif untuk terjun dalam pemerintahan sipil. Disamping para perwira militer menikmati jabatan puncak di daerah-daerah, para anggota militer pangkat lebih rendah memainkan peran mereka sebagai pelindung (backing) pengusaha-pengusaha pusat maupun lokal, menjual jasa pengamanan yang seringkali menimbulkan bentrokan dengan masyarakat sipil.
Di dalam masa kekuasaan Order Baru, etnis cina Indonesia memperoleh perlakuan khusus, sehingga jurang ekonomi antara masyarakat keturuna etnis Cina dengan kaum pribumi menjadi sangat tajam. Lebih jauh lagi, masa pemerintahan Soeharto memunculkan model pembangunan daerah yang timpang antara masyarakat di belahan Indonesia bagian Barat (Jawa dan Sumatra) yang kaya dengan masyarakat di Indonesia bagian Timur yang melarat dan kelaparan (Kalimantan, Sulawesi, Timor Timur sebelum menjadi negara Timor Lester, dan Papua).
Ketimpangan tersebut menjadikan pembangunan tidak merata di daerah pedesaan dan kemiskinan di daerah perkotaan, meningkatkan jumlah penduduk perkotaan sangat pesat.[3] Sehingga peningkatan gejala penyakit sosial seperti tindak kriminal, kemiskinan, dan masalah gizi dan nutrisi semakin meningkat. Soeharto tidak dapat menyelesaikan permasalahan tersebut, sehingga muncul peristiwa berdarah Mei 1998 yang menurunkannya dari tampuk kepemimpinan puncak Indonesia.
- Masa Pasca Orde Baru
Tahun 1999, tepatnya di masa transisi pemerintahan BJ Habibi, sistem politik lokal mendapat angin segar. Dengan lahirnya Undang-undang Nomor 22/1999 tentang Pemerintahan Daerah, desentralisasi membuka peluang politik lokal mencari jalan keluar menuju kemandirian daerah.
