Di samping itu, banyak potensi sumber daya alam pada tingkat daerah tidak dapat dikelola dengan baik karena kewenangan terbatas. Seperti sektor perkebunan, perikanan dan kelautan. Nah, dengan desentralisasi beberapa kewenangan ke daerah, maka setiap pemerintahan memiliki kesempatan lebih besar dalam meningkatkan pembangunan di daerah masing-masing. Pelayanan pemerintah kepada masyarakat lokal juga dapat berlangsung secara efisien dan efektif, karena mendekatkan sistem pelayanan pemerintah hingga ke pelosok-
pelosok desa.

Namun pada perkembangannya kebijakan desentralisasi melalui otonomi daerah berjalan tidak sesuai harapan. Besarnya kewenangan yang diberikan pusat ke daerah justru lebih banyak menguntungkan kelompok kepentingan tertentu, terutama pada tingkat elit. Selama desentralisasi berlangsung, pengelolaan anggaran di daerah memiliki celah bagi terjadinya korupsi. Terindikasi dari tingginya kasus korupsi yang melibatkan elit lembaga- lembaga politik di daerah, seperti Bupati, anggota legislatif di daerah dan pejabat birokrasi di daerah yang terjadi dalam beberapa tahun ini. Terjadinya ketimpangan pada program desentralisasi dalam otonomi daerah tersebut, dalam hemat penulis, secara garis besar dapat dilihat pada aspek-aspek sebagai berikut :

1. Hubungan Pusat dan Daerah

Dalam konteks desentralisasi dan otonomi daerah di Indonesia, hubungan pusat dan daerah ini merupakan salah satu bagian yang banyak melahirkan ketimpangan di daerah. Beberapa masalah dalam hubungan pusat dan daerah dapat dilihat pada dua aspek, yaitu
peraturan pemerintah pusat dan daerah yang seringkali berjalan tidak seiring, dan pengeloaan sistem keuangan.