Pada dua aspek tersebut, koordinasi antara pemerintah pusat dan daerah terkesan berlangsung tidak efektif. Misalnya saja saja, soal izin usaha, tambang, dan lain-lain. Selain itu, juga dapat ditunjukkan dari kemampuan sebagian pemerintah lokal yang lemah dalam
menyerap Dana Alokasi Umum dari pemerintah pusat. Tak jarang, dalam rangka menghabiskan dana tersebut, pemerintah daerah membuat program pembangunan dengan kualitas jangka pendek, dan tidak tepat sasaran.

Di sisi lain, sejumlah daerah juga tidak dapat mandiri sepenuhnya karena memiliki sumber daya terbatas, baik dari segi sumber daya manusia, maupun sumber daya alam. Pada akhirnya beberapa daerah tersebut sangat bergantung pada anggaran dari pusat. Hal ini sebagai dampak dari pemekaran wilayah sebagai upaya pemerintah menjalankan prinsip- prinsip desentralisasi, banyak yang bersifat politis, serta sarat dengan praktik transaksional. Berbagai aspek ini menjadi celah tumbuh suburnya korupsi di Indonesia yang melibatkan pejabat secara berantai dari pusat ke daerah.

2. Tata Kelola Kelembagaan Politik lokal yang salah arah.

Lembaga politik lokal terdiri dari kepala daerah dan lembaga legislatif daerah. Seiring dengan limpahan kewenangan yang diterima dari pusat, pada tingkat lokal, dua lembaga ini justru makin bersifat ekslusif. Di jajaran eksekutif, terjadi penggemukan secara struktural yang
pada akhirnya menciptakan pola kerja birokrasi yang tidak efisien, kurang transparan, dan tidak akuntabel. Proses pembangunan yang berlangsung juga kurang partisipatif. Di samping itu, pada tata kelola sistem birokrasi, sarat dengan konflik kepentingan karena kepemimpinan sangat bersifat politis. Seorang kepala daerah menjadi representasi birokrasi, dan umumnya sekaligus menjadi wakil partai politik. Parahnya, kepentingan partai politik ikut mengatur pola kerja dan struktur sistem birokrasi di daerah. Kasus seperti ini seringakali terjadi, apalagi setiap pemilihan kepala daerah. Rekrutmen, penempatan dan mutasi pegawai sarat dengan tendensi
politik.